構造インフォマティクス系データベースリンク集(講義資料)2014

多分野融合実践実習(名大創薬・2014・修士実習)で紹介したいくつかのサーバ:データベースへのリンク 

(1) 米国NCBIのデータベース

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

このなかで特に汎用するもの

Pubmed / Nucleotide (遺伝子配列)/ Protein (蛋白質配列)/ OMIM / UniGene (遺伝子)

Field tag についての説明 / その他の制限法 / 日大歯学部作成日本語マニュアル
京大医学部図書館Howto 名大医学部院・基盤医学実習PubMed

(2) 相同性検索 : blast

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

(3) SwissProt / Uniprotと呼ばれる蛋白質配列サーバ

http://www.uniprot.org/

(4) 蛋白質ドメインのDB二種類

SMART : http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1

PFAM 英国sangerセンター : http://pfam.sanger.ac.uk/

(5) 変性領域予測サーバ disopred2 : http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred/

(6) 変性領域とdomain予測サーバ globplot : http://globplot.embl.de/

(7) 立体構造データベース PDB

本家サイト  http://www.pdb.org/

日本ブランチ  http://www.pdbj.org/index_j.html

全世界統合  http://www.wwpdb.org/

PDBSUM わかりやすくまとまっている  http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/

(8) 配列からの立体構造予測 FORTE : http://mbs.cbrc.jp/forte/query/main.do

(9) ヒトゲノム立体構造の網羅的モデリング SAHG: http://bird.cbrc.jp/sahg/

(10) 可溶性予測 ESPRESSO
http://mbs.cbrc.jp/ESPRESSO/TopPage.html

(11) 立体構造比較と簡易homology modeling MATRAS
http://strcomp.protein.osaka-u.ac.jp/matras/index-j.html

(12) 日本語情報源いくつか
バイオサイエンスデータベース(横断検索)
http://biosciencedbc.jp/?lng=ja

医薬基盤研究所統合DB横断検索
http://sagace.nibio.go.jp/

(13) いま活動中の研究 天然変性タンパク質DB IDEAL http://idp1.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/

(14)分子構造ビューワのマニュアルページへのリンク

CueMol2 [日本語]

PyMol 本家(英語)
PyMol [BioKids, 日本語]

(15) 本日の教材

Updated: 2014/08/20 — 10:15