構造インフォマティクス系データベースリンク集(講義資料)2010

構造生物学3(情報生物学) で紹介したいくつかのサーバ:データベース

(1a)       わが国発のライフサイエンスDB検索ページ

http://lifesciencedb.jp/?pg=2

(1b)       医薬基盤研究所統合検索データベース http://sagace.nibio.go.jp/

(2)         米国NCBIのデータベース         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

このなかで特に汎用するもの Pubmed / Nucleic Acid / Protein / OMIM

(3)         相同性検索 : blast http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

(4)         SwissProt / Uniprotと呼ばれる蛋白質配列サーバ http://www.uniprot.org/

(5)         蛋白質ドメインのDB二種類

SMART http://smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi?NORMAL=1

PFAM 英国sangerセンター http://pfam.sanger.ac.uk/

(6a)       変性領域予測サーバ disopred2 http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/disopred/

(6b)       変性領域とdomain予測サーバ globplot http://globplot.embl.de/

(6c)        ヒト天然変性タンパク質DB     IDEAL http://www.ideal.force.cs.is.nagoya-u.ac.jp/IDEAL/

(7)         立体構造データベース PDB

本家サイト                                    http://www.pdb.org/

日本ブランチ                            http://www.pdbj.org/index_j.html

全世界統合                                 http://www.wwpdb.org/

PDBSUM わかりやすくまとまっている               http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/

(8)         配列からの立体構造予測 FORTE http://mbs.cbrc.jp/forte/query/main.do

(9)         ヒトゲノム立体構造の網羅的モデリング SAHG http://bird.cbrc.jp/sahg/

(10)       配列から蛋白質の可溶性を予測 ESPRESSO http://mbs.cbrc.jp/ESPRESSO/TopPage.html

Updated: 2014/08/20 — 10:23